L'affinage est une phase qui permet d'élever le fromage et de transformer les composants (lactose, acide gras et protéines) du caillé, cette phase d'affinage est appelée du terme savant de " digestion enzymatique ". De nombreuses réactions biochimiques sont à l'origine de la transformation de molécules dites substrats en composés intervenant dans la modification des qualités organoleptiques du fromage (arôme, goût, texture, couleur).

Trois principaux acteurs sont à l'origine de cette transformation :

la flore bactérienne (streptocoques lactiques, leuconostoc,
     lactobacilles) apportée par les ferments,
les levures,
les moisissures.